Indesign CC2018の2018年3月リリースの新機能の「個別のPDFファイルを作成」。
PDFを書き出しする時に、1ページまたは1見開きごとで別々のPDFファイルに書き出し、フォルダにまとめて保存します。
それぞれのファイル名に連番やノンブルを振ることができます。（サフィックスのところで指定する）

差し替えページを入稿する時に、今までページ数分だけ書き出ししていたのが、一回の操作でできるようになります。